地方和部门的保护主义也是造成“执行难”的重要原因。地方和部门保护主义的形成有非常复杂的因素，涉及政治、经济、文化等各个方面;应当说，我国目前的经济制度安排是造成地方保护主义的深层原因。
改革开放以前，我国实行的是高度集权的计划经济，全国无条件地地方服从中央。改革开放后，中央将一部分权力下放到地方，形成中央和地方“分灶吃饭”。这种格局一方面确实调动了地方的积极性，但是另一方面也造成了地方区域经济的弊端。在这种体制安排下，地方领导按照地方人大选举法是由地方人民代表大会产生的，而在重“经济建设”的政绩目标下，地方领导也就千方百计地保护地方利益，否则地方人大也有权罢免他。这样，难免在地方利益和国家利益，短期效应和长期效应产生冲突时，地方利益占上风。而经济上的地方保护主义带来的是司法上的地方保护主义;地方法院院长是地方人民代表大会产生的，经费是由地方同级政府财政拨款，法院的各种建设都有求于地方政府部门。
除了中央和地方经济体制以外，还存在部门之间的所谓“条条管理”。在计划经济时代，国家将行业分为纺织、冶金、、煤炭等各种中央行业，成立了相应的中央部委。虽然这些部委现在都已经撤消了，成立了集团企业，但是由于旧体制和观念的惯性作用，在大型国有企业、特别是困难国有企业被作为被执行人时，由于种种原因的gān扰，执行起来更加困难。
好多潜规则至今依然行之有效地支配着中国政治社会不少领域的实际运作。尤其是某些地方官员，或者与当地的利益集团构建了一个权力瓜分与利益分配的生态圈，或者肆无忌惮地滥用职权、谋取私利，构成一个对上抗命，对下欺压的特定政治氛围，更有甚者，长期以来，一些贪污腐败分子为了逃避惩罚，一个惯用手法就是以组织名义和貌似合法的形式，gān违法乱纪的勾当;当追究责任时，又以集体研究为名搪塞。这种21世纪官场之怪现状，其产生的杀伤力已经超过一般人的想象。
中央集权的权威性一旦受到弱化，其实就是长治久安的基础已经松动的迹象。中央权威，无论是钢性权威还是柔性权威，无一例外将受到严峻的挑战。政治体制改革条件无法被人为地刻意地予以回避。不痛下决心改革，不正面接受政治体制改革过程中的阵痛和挑战，一旦执政党内以及行政体系大大小小、形式不一的既得利益集团形成气候，“官家主义”和“杂霸秩序”就会构成政治游戏规则的主流意识，既得利益集团与中央威信产生冲突之后的虚应，尾大不掉，导致最后的各种形式的抗命。“下情无法上达，上情难于下达”，结果是“权为私用民之灾，法为私用国之害”，政府权力被私利化，给党和政府造成严重危机，给社会秩序和道德秩序造成严重混乱。
地方官员为了显示政绩或者支持地方保护主义，常常对中央隐瞒实情，报喜不报忧，甚至弄虚作假。造成这一现象的原因是中国的制度设计违背了政治学公理，即由上到下的决策指令信息，和由下到上的决策效果反馈信息，不能走同一条管道。
除了中央政府外，每一级的发牌人，同时又是受牌人。可是好多时候，牌是越发越少，其中的原因，就是几乎所有的下一级政府都想留下几张牌来自己玩。
中国有句老话：会哭的孩子有奶吃。
在中国，电力、铁路、邮政、税务、海关等部门是中央直属的无论财政收支还是gān部管理都和地方政府没有任何关系;但是，你的工厂要建在人家的地盘上、你的线路也要经过别人的地盘、你的家属要在别人的地盘上生活、上学、就医。而这一切，没有地方政府的配合，都是不行的。
中国有一个很独特的现象：类似铁路、银行、电力等垄断行业，他们作为经营者时，叫某某公司;但他们在作为政府的一个部门时又叫某某局。也就是说，他们既当管理者，又当经营者。属于体制上的乱伦。他们的财产和gān部，都归各自的上级主管部门管辖，地方政府对他们几乎没有什么约束力。这种现象，使得他们成为一个个特殊的利益集团。
任何一个国家的体制都是宝塔型的，每一级都得在下一级是基础上作出决定。决定是最高领导作的，但是他只能在下级提供的范围内作决定。
国家能力，也就是指中央政府将自己的意志、目标转化成现实的能力。它基本包括四种：汲取财政的能力、宏观调控的能力、合法化的能力、qiáng制能力。
中国是一个政党高度统一集中控制的国家，但是国家机器也不是铁板一块，经济决策权极其分散，中央政府控制地方政府的能力也很有限;地方政府控制行业的能力也极其有限。
这种有限的控制力就造成了各级政府、各个行业的自我利益、自我意识、自治权力的高度膨胀。这种高度膨胀加速了经济权力的分散化和多元化，势必成为今后发展的重要隐患。
优惠政策有着很大的含金量，它是以牺牲中央财政收入为代价的。在中央和地方讨价还价的谈判中，往往是地方政府得多失少。
政治体系是一个逐步完善的过程，不要指望在一夜间就能建立一个无懈可击的政治体系，解决体系内的所有问题。如果这样就患了政治幼稚病;但是如果过高估计它的难度，就是患了政治恐惧症。
调整中央政府与地方政府的关系，必须打破GDP考核的政绩观，树立对地方政府考核的科学和综合指标体系，将公共服务指标纳入到指标中去;必须重新界定中央和地方的财权和事权，使财权和事权相对称。
地方政府滥用权力，以公共利益之名过深介入商业性征地活动，谋取地方政府之私利，常常成为大量征地纠纷始终得不到解决、并演化成为bào力冲突事件的根源。法律中的一个小口子，假如符合政府利益，通常会被政府扯成大dòng。在现实中，官员们对于“公共利益”的解释，远远超过宪法学者的想象。在官员眼里，征地就是公共利益，既然整个国家的工作以经济建设为中心，那经济建设就是最大的公共利益，而防碍“公共利益”的实现，政府就完全可以动用专政的力量来qiáng迫实现。地方政府官员群体不少已经被经济建设为中心的“国家jīng神”所支配，而形成了不惜牺牲民众权利以发展经济的片面狭窄的施政观念。
在官员眼里，地方政府增加财政收入也是公共利益。农民的土地以低价被征用，政府再以另外的形式转手以高价将其转让给企业，政府从中获得一笔巨额财政收入，也是完全符合公共利益的。这种扭曲的公共利益观，导致一些地方政府公然蔑视农民的权利，肆无忌惮地压制农民维护自己权利的正常活动。而且由于地方司法机构也受到地方政府的严格控制，因此权利和利益遭到侵害的农民，无法通过正常渠道获得救助，他们只能走上漫漫上访路。
利用公共权力，贪婪地追求地方政府的利益，政府的这种做法当然不可能得到民众的认可;相反，在农民眼里，某些地方政府官员本身就是最大的、最贪婪的jian商，他们所追求的利益，其实没有任何公共性。对中央政府来说，这也完全是一种有害无益的私利。一些目光短浅的地方政府过深地介入土地经营活动，固然给当地政府带来好处，也增加了官员的政绩，但却导致了重大社会矛盾，侵蚀了整个中国共产党的执政基础，败坏了广大民众对党的整体印象，最终受到伤害的是政府进行统治的正当性。