难敌权力腐败
用垂直管理来制约地方政府滥用权力，其实也就是期待用一个更高级别的权力，来制约可能被地方政府滥用的权力。似乎有了更高行政级别的权力、有了钦差大臣的地位后，就可以解决这个问题了。
然而现实却让人大跌眼镜。垂直管理部门频频发生的腐败案件一次又一次告诉我们：不论何时何地，权力的天生属性都是一样的，分到地方的权力可能被贪腐势力收买，垂直到中央的权力，也可能被贪腐势力收买。理论上讲，垂直管理，权力越集于一端，持权柄者就越发地好操弄，寻租也就更便捷了。
对各垂直部门来说，当他们作为地方政府职能部门时，尚会受到当地党委、政府、人大、纪委等的制约;垂直管理后，这些制约没有了，而代之以下管一级的模式。这尽管加快了上下信息传递的效率，但作为上级部门，远在几百里甚至几千里之外，对下级管理最致命的弱点，就是鞭长莫及。
“山高皇帝远”的宽松氛围，使各级各垂直部门的一把手成为说一不二的家长，一旦一人腐败，往往多年不会bào露，形成从上到下的“一窝烂”。税务、工商等实行垂直管理的部门多次爆出惊天腐败大案，其原因即在于此。
权力只要缺乏监督、缺乏制约，无论在哪个领域都会发生腐败。所以，在2006年8月的广州市“廉政文化周”期间，海关、地税、国税等廉政“高危行业”的500名青年公务员宣誓“以后当了官，永不贪污!”。这些垂直管理部门之所以被称为廉政“高危行业”，就在于手握重权的垂直管理部门容易滋生贪污腐败。
垂直管理部门的独一无二性，还使得他们可能将控制公共资源配置闸门的开关权，变成要挟他人的筹码，从而产生腐败行为。
事实证明，若不能真正束缚住权力本身，任何权力都是靠不住的。
垂直管理不是通行证
垂直管理只是权宜之计，真正解决部门管理与地方管理之间，即“条块”之间的矛盾，理顺中央和地方的关系，长久之计在于通过立法的形式合理划分中央和地方之间的职责权限。
当下我国的改革已经进入深水区，几乎都牵涉到中央与地方关系的层面。中央政令难以贯彻、地方保护主义盛行，已经影响到法律的实施和中央的权威。地方保护主义往往以放宽中央法律、政策底线谋求地方利益，从而贯彻执行中央的法律、政令不力，甚至上有政策、下有对策;有令不行、有禁不止;无视上令、公然违法等现象屡见不鲜。
为保障政令畅通，破除地方保护，提高行政效率，实行垂直管理就成为惯性选择。但效果如何呢?
垂直管理的弊端，部门与地方政府须明确责任
qiáng化部门垂直管理可以有效避免地方政府的gān扰，保证“上传下达、政令畅通”，同时有利于资源配置。但也存在潜在的弊端：容易qiáng化部门利益，滋生腐败;架空地方管理;造成条块分割，部门职能jiāo叉，以及相互掣肘的管理体制弊端。
央、地事权的合理划分是制度化解决的途径
在我们看来，中央针对地方执行力弱化的问题设立督查中心，是权宜之计。虽然能起到一定的作用，也很必需，但不是长远的体制安排。中央对地方某些问题上失控，根本是由央、地事权不清造成的。
督查只能解决已经出现的问题，要彻底治理问题应该在规划、审查、批准直至监督检查上进行协调。地方区域内的问题还是jiāo给地方自治，用客观的指标来考察地方官员。跨区域的问题就由跨区域的上一级主管部门来协调。
解决部门管理与地方管理之间，即“条块”之间的矛盾，理顺中央和地方的关系，长久之计在于通过立法的形式合理划分中央和地方之间的职责权限。法律可以采取列举法原则，明确哪些是中央政府专属职责，哪些是地方政府专属职责，哪些是中央政府和地方政府共享职责，避免出现“双重管理”等责任不明的现象。
在明确事权的基础上，按照人权、事权和财权相统一原则，授予地方政府相应的履行职责的人权、事权和财权，避免出现“中央点菜、地方埋单”和基层政府“财政空转、负债运行”等权力与责任相脱节的现象。
克服中央与地方关系的体制障碍
一些行政部门实行省级直辖，并没有完全解决中央与地方的府际关系问题，因为它只是地方政府框架内的权力集中措施，没有涉及省际协调和全国统一。
任何试图解释中央与地方关系的努力，都不能忽视它的历史性和复杂性。从世界上实行宪法制度到现在持续进行的世界性行政改革， 中央与地方的关系一直是关键问题之一。它的失衡决不会简单到只是官员追求政绩的偏执行为或者对不当得利财产的贪婪。
一些行政部门实行省级直辖，并没有完全解决中央与地方的府际关系问题，因为它只是地方政府框架内的权力集中措施，没有涉及省际协调和全国统一。这一措施的积极作用，第一是在行政效能上，提高了省级范围行政职能的统一程度，削弱乃至消除了县、市级政府对相关纵向行政部门的实质控制和影响，在一定程度上解决了行政控制力逐级衰减和终端失效的问题;第二是在行政制度上，打破了建国以来长期实行的县级以上各级政府职能平铺设置和权限逐级递减的管理结构，出现了省级政府部门的专有控制权限。它减弱了地方政府的权限，并相应提高了部门系统的权限。
省级部门直辖的新部门体制，对中央决策执行力的影响是积极的但又是有限的。积极性是消除了省级以下政府部门的消极推诿和积极偏离。有限性在于中央部门对地方部门的控制力不足，当然就不能指望自己的决策在下级得到有效的执行。职位、权限和资源构成行政控制力的三个基本内容。由于中央部门与地方部门之间原则上是业务指导关系，受到权限和资源拥有量的限制，控制远不是有效的。
彻底解决中央行政决策在地方的行政执行力问题，涉及行政体制的整体调整和权力重构，远远不是几个领域的部门直辖所能完全解决的。
不能把板子都打向地方政府
“上梁不正下梁歪”。行政执行力不力，不能把板子都打在地方政府身上，首先要从中央机关和上级部门抓起。
常言说，“上梁不正下梁歪，中梁不正倒下来”。要想让地方各级政府认真去执行政令，首先需要党中央、国务院各部门机关做出榜样来。北京是中国的首都，北京的一举一动，对全国影响极大，所以不管在什么政令和决定的执行中，北京也要发挥表率作用。
由于利益驱使，有些部门和机关不是坚持以人为本科学发展，而是从部门利益出发，或出于某个人或某集团的利益考虑，出现了部门利益法规化。比如，前年国家审计局审出的某国家权利机关中某些人出于自身利益，从国家给西部下发的专项拨款中，挪用近1/4送给东部的近200多个单位。在党中央、国务院大力推进西部大开发的时候，这种掌管财政配置权利的单位，不是站在中央政策的立场上去推动西部大开发，而是用自己手中的权利削蚀西部大开发。在调查中，我们还发现国家的一些专项经费在下达过程中一级一级被截留，比如去年我在云南玉龙县调查时，发现一个人均年收入只有200—300元的村子里，学生拿到书本费的只有40%，这同国家报出的西部贫困地区书本费已经全免的事实有很大出入。这种地方上一级级截留专项拨款的做法，同国家某部门的做法没有两样，既然中央掌权的部门都这样去做了，我们还有什么理由去责怪地方呢?