其一，有效避免了地方政府的gān扰，保证“上传下达、政令畅通”。目前，各级地方政府对于中央政令的执行情况并不统一。有的是由于行政能力不足、资源不够等原因达不到要求;有的是从本地区利益出发，有意在执行中央政令时偷工减料。以质量监督系统未垂直管理前为例，一些地区降低本地区的标准，以此吸引资金向本地区流动，加qiáng本地区的竞争力。
在这种现状下，要求中央的监督达到市、县，甚至乡、镇一级政府是不现实的。因此，通过加qiáng省一级的职权，弱化县市一级的职权，有利于保证政令畅通。
其二，有利于资源配置。人员的调动、资金的配备、设施的增加等，都可以在省这个大的范围内统筹安排。
央地博弈中创造发展活力
多个部门希望以垂直管理摆脱地方gān扰的努力，反映了部门管理与地方管理之间日益尖锐的矛盾，这种“条块”矛盾的实质，是中央和地方之间的矛盾。
改革开放20余年的进程，基本上是中央不断下放权力，激发地方政府发展活力，调动地方发展主动性的过程，这也是中国经济高速增长的秘诀。相较于改革开放初期，目前地方政府在经济发展中的权限已经不可同日而语。
随着地方经济主动权的增加，“块块”力量坐大。新“地方保护主义”的表现形式，是以放宽中央政策底线谋求地方利益，因而贯彻执行中央的方针政策不力，甚至上有政策、下有对策，有令不行、有禁不止等现象屡见不鲜。
地方保护主义和重复建设，是自改革开放以来一直困扰我国经济健康发展的两大顽疾。
针对此，中央维护政令统一的努力也一直在加qiáng，尤其在近10年来表现突出。除行政管理体制的“垂直管理”趋势外，地方立法权已经开始受到限制，《行政处罚法》把处罚的设置权收到中央，地方只可以补充，不可以立新的罚则;2000年《立法法》出台，地方立法权也越来越小。
针对行政上的“垂直管理”，于安说，这并不是行政改革最终的固定模式，只是推进改革进程，破解现有难题的一种有益的探索和尝试，因为并不是所有的行政部门都适合垂直管理。中央民族大学法学院教授、国家行政学院行政法研究中心研究员熊文钊也认为，只有一个行政部门的职权具有全国性或跨区域性的特点，才有进行垂直管理的合理性和操作基础。
有学者同时分析指出，垂直管理只是一个不得已的办法。为了免受地方政府的gān扰，就转而实行垂直管理体制，是在现实国情下的妥协，是一种“下有对策”情势下的“上有政策”，这从另一个侧面宣告了某些行业在面对地方政府gān扰时的无能为力和束手无策。这种妥协决定了垂直管理体制必然存在先天不足。
首先，垂直管理不能完全摆脱地方gān扰。尽管垂直管理后部门的人、财、物不受制于地方了，但部门还是在当地，在土地、水电等方面也少不了求助当地政府。因此即使实行了垂直管理，也不敢过于得罪地方。如此前出现的阜阳劣质奶粉事件，当地工商、质监部门严重的执法缺位是重要原因。
而利益越大的部门，“垂直管理”的力量也越容易被削弱。如理论上讲，土地管理的垂直体制可以让各级土地行政管理部门轻装上阵，理直气壮地行使自己的职权了，但时至今日，人地矛盾日益突出、土地违法占用现象依然相当严重。有的地方政府一如既然往地公开、直接违法，并默许、纵容大量的土地违法行为。而土地执法部门在有了上级土地管理部门的“撑腰壮胆”后，始终没有“硬起来”。
其次，垂直管理使监督部门减少，容易滋生腐败行为。专家分析，科学健全的行政管理都有不可或缺的两个方面：行政效率和行政监督，如果以弱化监督为代价提高行政效率，就有可能增加权力滥用的风险。
对各垂直部门来说，当他们作为地方政府职能部门时，尚会受到当地党委、政府、人大、纪委等部门的制约;垂直管理后，地方政府平级单位往往对垂直部门的经常性权力监督失效，全靠上级部门和上级监管机关的监督发现存在的问题。而上级的监管致命的弱点就是非经常性。“山高皇帝远”的宽松氛围，使各级一把手成为说一不二的家长，一旦一人腐败，往往多年不会bào露，形成从上到下的“一窝烂”。
第三，存在架空地方管理，弱化地方政府职能的问题。县市政府组织体系的健全、部门配置完整，是其履行一方公共管理责任的制度前提。如果过多的职能部门被“垂直”、划归上级管辖，必然带来地方政府组织功能的残缺，影响其行政效能的发挥。
同时，一些对地方发展非常重要的行政部门纷纷“垂直”，容易造成中央职能部门与地方的对口部门联成一线。各垂直部门注重对主管部门负责，有可能忽略当地发展实际，加剧“政出多头、部门打架”等现象，降低行政效率，损害政府权威。
第四，是容易形成不公平效应。相对地方部门而言，垂直部门经费比较充足。在许多地方，垂直部门gān部的工薪收入要比地方部门gān部高出不少。这种不合理的收入差距，易在同一地区的公务员队伍中形成危险的攀比效应和不公平感，助长权力寻租和“三乱”现象。
长久之计在于合理划分央地职权
针对垂直管理存在的利弊，有专家分析认为，解决部门管理与地方管理之间日益尖锐的矛盾，也就是“条块”之间的矛盾，理顺中央和地方的关系，长久之计在于通过立法的形式合理划分中央和地方之间的职责权限。
难点在于，其一，中央和地方兼顾这个度很难把握，新中国建国以来中央和地方权限的反复，就是表明这个“度”还在探索之中。尤其是有些中央和地方共享的权限，这个度就更难把握。
其二，新中国建国以来中央和地方关系的两次大调整，都是通过政策来实现的。在建设法治国家的背景下，这样的调整需要从政策向法律转变。
有关专家认为，有关法律可以采取列举法原则，明确哪些是中央政府专属职责，哪些是地方政府专属职责，哪些是中央政府和地方政府共享职责，属于中央职权范围内事项由中央垂直管理，属于地方职权范围内事项由地方全权管理，同时废除双重管理的做法，避免出现责任不明的现象。然后按照人权、事权和财权相统一原则，为各级地方政府履行职责提供必要的人权、事权和财权，避免出现“中央点菜、地方买单”和基层政府“财政空转”和“负债运行”等权力与责任相脱节的现象。
中央与地方关系只有在制度化、法治化的基础上，才能走向现代化的道路，才能使中央与地方的职能关系保持一种均衡和稳定的状态。
现行《宪法》对于中央与地方政府的职权都作了相应的规定，尚缺乏配套法规，操作性不够qiáng，同时又缺乏有效的监督机制。而《地方组织法》关于地方职权的规定，绝大部分内容是中央政府职权的翻版，并且对于列举的剩留权归属也未作规定，也没有确定省级政府的专有权力以及与中央政府共享的权力。这样，在职权划分归属问题上，地方与中央就容易产生矛盾。