由于目前旧计划经济体制下的部门分割的痕迹依然存在，加上部门保护的出现，政府管理职能被分散于多个政府机构，容易出现责任混乱，从而导致多头管理或者无人负责的现象时有发生。现实中，有的行政主管部门往往把政策制定权、分配资源、行政管理、行业监管带集于一身，往往把jīng力主要集中于资源分配和行政审批上，而对行政事务管理所要求的成本控制、技术保障、安全标准、环境保护、能源节约、消费者权益等内容过问甚少。这样的部门职权不清、职能不明，根本不能适应日益复杂多变的现代社会要求和人民的期望，更不符合现代行政法治的要求。
国家政策部门化存在的严重弊端。
一是不利于社会主义市场经济的持续健康稳定发展。社会主义市场经济本质上要求一个规则统一、发展均衡、地域广大的市场，然而有些部门在参与国家法律、政策制定时过于考虑本部门的的权力，为了本部门利益人为地制定倾向于本部门的政策、设定许可、提高审批门褴，扩大部门权限等等，再加上广泛存在的地方保护主义，使得国家政策在这种“部门保护主义”(条条)与“地方保护主义”(块块)之间造成政策的条块分割，整体的国家政策被条条块块分割阻断，不能很好的贯彻执行;而且不同的部门都在qiáng化自己的利益要求，扩张自己的隔阂，政策冲突甚至相互指责和推委，国家利益和社会利益在这种“条条”分化中被消解和吞噬。
国家政策部门化带来的必然是政府权力的部门化，这就造成了政府与市场关系的错综复杂，由于政出多门，不同的市场要素归不同的部门管理，使得市场的诸要素之间如人才、技术、劳动、资源、能源等等，由于部门政策的阻隔不能合理地按照市场规律流动，无形中增加了市场成本和造成制度性、政策性障碍。正如有人指出的：部门以法律在管，国家以政策在放，国家政策再好，也无法超越国家权力部门化、部门权力法制化、利益化的格局。
二是不符合社会主义法治国家建设的基本要求。社会主义法治国家建设要求法制的统一性和体系性、政府的有限性与有为性、以及行政的法治性与责任性。部门化立法或立法的部门化，往往导致部门立法的效力反而高于国家法律法规，或者通过部门规章将国家法律法规架空，使得国家法律法规成为一纸空文，从根本上无视法治国家、法治政府建设的规范化、一元化法律体系要求，破坏了法制的统一。由部门利益驱动的权力扩张和部门权力争执同时并存，将使原本膨胀的行政立法趋向混乱不堪的局面，造成法律与行政法规、法规与法规(不同部门参与制定的)、部门规章之间的冲突，破坏法律体系的等级有序、协调一致，损害法治的权威和尊严，背离法治jīng神。
行政部门超出公共行政的范围，自己过多地为本部门争取和设置权力，使得行政部门自由裁量权的空间太大，从而将国民权利和利益置于危险的境地。国家政策部门化也严重降低了行政效率，多个部门争着为有利可图的同一事项立法就导致部门之间职责权限不清，甚至在一些关系国计民生但是又无利可图的问题上相互推委，扯皮，使得管理重复，执法jiāo叉，处罚重复，政府缺位的现象时有发生，而这也正是行政执法体制严重弊端的根源。最终将会演变成部门立法权限的异化;从维护国家利益与人民利益的公共权力，成为维护部门利益、集团利益、个人利益的手段;法律也从体现社会公平与正义的价值天平变成为立法者专横bào敛的工具。
三是成为政府机构改革的qiáng大阻力。有的部门通过立法将部门利益通过合法正当途径装进法律法规中，更有甚者直接利用规章制度制定权限，制定保护部门利益的规范性文件来规避更高价位的法律法规。政府机构的设置不是严格按照科学的行政管理要素，而是通过人为的“手工操作”、“幕后协商”来进行。历次行政机构改革一次次落入jīng简——膨胀——再jīng简——再膨胀的恶性怪圈，根本上就在于部门保护主义，在于行政机构设置上的科学化、部门行政职权的法定化、人员编制的jīng简没有根本实现。
有的部门通过部门立法来设定许可、扩大审批权限、增加收费项目等方式，并以此为借口堂而皇之地向国家要求增扩人员编制、增加办公经费、提高工作待遇等条件，造成国家权力异化和公共权力的流失，最终将出现行政权力的部门化、部门权力个人化、个人权力利益化、利益主体集团化的恶性怪圈，形成一个攻守同盟的既得利益集团：台上有人唱戏，台下有人鼓掌，台后有人指挥操纵的场面，机构改革和jīng简人员就变得阻力重重，步履维艰。
四是对社会公正和社会和谐构成严重挑战。经过多年的改革开放，市场经济给我国带来巨大的国民财富的同时，其市场的弊端或者“坏”的市场经济成分也越来越明显。一些改革的设计者、理论支持者、对改革翘首以盼的广大人民最不愿意看到的情况出现了：政府权力部门化、部门权力个人化、个人权力商品化。国有资产的流失、城市拆迁中的官商勾结、农村土地征用中的政府与市场错位等问题的背后都可以看到这三种权力的异化现象。这种权力异化危害巨大，它不仅阻碍市场经济的发展，也严重损害政府形象，在政府与民众之间制造矛盾并不断激化这种矛盾。社会各阶层的收入差距越来越大，然而大部分的垄断利润并未收归国有，而是转化为部门和企业利益，最终加剧了社会分配不公平，破坏了社会的和谐。
追寻近年立法的进展，如物权法、劳动合同法、企业所得税法、反垄断法等，会发现不同法律或其草案的背后，几乎都有一个共同点，即不同利益主体的博弈。
依法办事，即是公平。而在初始法条制定中体现公众利益，平衡各方博弈，方能达到“正义”目标。由法律正义保证实质正义，法律本身的程序公正必不可少。
近年立法过程中的多方利益博弈看似混乱，但“也推动了法律的改进”。
而在立法博弈中，如何让不同的利益主体具有与其利益相称的影响力，仍面临考验。其中，“部门立法”存在的“部门利益法定化”的问题，有可能伤害到公共利益，愈发引人关注。
作为最重要的立法机构，全国人大的立法制度创新被认为是立法公正之本。
改革的成果如何让人民共享，将是未来一段时间利益调整的重点。“从未来的5年或者更长一段时期来看，如何分享或共享改革遗产与成果，是我们面临的主要问题。
而法律因其权威与普适性，日渐成为利益博弈的“主战场”。
利益博弈进入立法领域，是旨在将利益上升为权利的努力，是从规则的被动接受者到主动参与制定者的觉醒，是从无序争利到有序博弈的进步。
市场经济的利益集团力量增大，公众的权利意识复苏，政府部门掌握广大的社会资源——各方博弈越来越频繁。利益集团之间有博弈，与政府之间有博弈，与劳动者之间也有博弈;从立法观念调整，到权力界定，权利分配，经济利益确定，“中国现在很多 法律的出台都是各个主体之间相互博弈的结果。