直到元顺帝至正二十六年（公元1366年），平定张士诚进展非常顺利，天下已非朱元璋莫属了，韩林儿才没有任何继续存在的价值了。朱元璋派大将廖永忠用船到北方去接韩林儿，说要迎他来坐天下。韩林儿辞别闲居三年的滁州，兴冲冲向应天进发。虽是空头皇帝，妃嫔宫女、太监护卫，毕竟一应俱全。到了江心，韩林儿乘坐的大船便进了水，在皇帝和妃嫔的一片惊呼哀号声中渐渐沉没。
“惨剧”发生后，朱元璋“勃然大怒”，立刻命人把廖永忠抓起来，说他办事不够谨慎，以致出此“jiāo通事故”，要重治其罪。无奈众人纷纷说情，朱元璋才“勉qiáng”免了他的死罪，命廖永忠仍回苏州前线，“戴罪”立功。随后，朱元璋下令举行国丧，在应天城内遍挂孝幛，停止娱乐活动一个月，又命在长江边设小明王灵位，亲率文武百官到江边哭祭，声势弄得十分浩大。
不过，从此之后，朱元璋再也不提自己曾经是韩林儿的臣下，连当年立的一些石碑，也因为曾经用了韩林儿的年号，一律捶毁，文字史料，更是消灭得一gān二净。
消灭韩林儿后，朱元璋对白莲教的态度也发生了一百八十度大转弯。
朱元璋部本是白莲教大起义的一个组成部分。在起义之初，他也充分利用白莲教教义来发动群众。但是，随着自己独立发展，朱元璋越来越淡化自己这支队伍的宗教气氛。因为他知道，宗教狂热只可用于一时，难于持久。
龙凤十二年（公元1366年）五月讨伐张士诚檄文的发布，是朱元璋政治生涯中的一个重大事件。在讨伐张士诚的檄文中，朱元璋借声讨张士诚之机，宣布白莲教是妖术，指斥信教者“误中妖术，不解偈言之鼻诞，酷信弥勒之真有，冀其治世，以苏困苦，聚为烧香之党……妖言既行，凶谋遂逞，焚dàng城郭，杀戮士夫……终不能济世安民”。
朱元璋还宣称，他远在渡江之前，已“灼见妖言，不能成事，又度胡运，难与立功，遂引兵渡江”，不仅否认自己从前信奉白莲教并长期臣属于小明王的事实，而且完全抹煞大宋红巾军对他在江南地区发展壮大势力所起的掩护作用，把自己的胜利一概归之于“天地祖宗之灵”及其“将帅之力”。
抛弃白莲教义，就意味着皈依到孔子门下。随着夺取天下形势已显，朱元璋开始了尊孔活动。龙凤二年九月，他前往镇江，一入城首先就去拜谒孔子庙。龙凤六年五月，朱元璋下令在应天设立儒学提举司，任命宋元以来金华朱学的传衍人物宋濂为提举，正式尊崇儒教。
不过，为了最好地利用白莲教的剩余价值，朱元璋后来决定给自己的新朝代定国号为“大明”。因为经过白莲教的广泛传播，明王出世成为了民间熟知的预言。韩山童自称明王起事，韩林儿继称小明王。朱元璋的部下，大多都是白莲教的信徒。朱元璋以出自白莲教经典《大阿弥陀经》的“大明”作新皇朝的国号，一是表明了新王朝与小明王的继承关系，二是向其他觊觎帝位者暗示，“明王”已经出世，光明世界已经到来，其他人就不必再痴心妄想了。
明朝立国后，朱元璋开始了对明教、白莲教的严厉镇压。洪武三年（公元1370年）朱元璋颁“禁yín祠”诏：“不许塑画天神地，及白莲社、明尊教、白云宗，巫觋扶鸾祷圣，书符咒水诸术，并加禁止，庶几左道不兴，民无惑志。”其后，朱元璋便藉修订《大明律》，将明教、白莲教列为“旁门左道”，严行禁止。《大明律》规定：“凡妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术，或隐藏图像，烧香聚众，夜聚晓散，佯修善事，扇惑人民，为首者绞，为从者各杖一百，流三千里。”“凡造谶纬、妖书、妖言及传用惑众者皆斩。若私有妖书隐藏不送官者，杖一百，徒三年。”有明一代，白莲教、明教势力一直被牢牢压制。
第五节 北伐中原
朱元璋在统一南方战争中战无不胜，顺利异常，迅速平定了广大中国南部，只剩下北元一个敌人。而北元内部又分崩离析，战斗力并不qiáng。
朱元璋虽被称作驱除外虏的伟大民族英雄，然而十五年军事生涯中他绝大部分时间都在与汉人自相残杀。直到此时，他还没怎么和正规元军正式jiāo过手。不过元帝国的实力早已被漫长的战争耗尽了，已经成了一个熟透的果实，朱元璋要做的，只是伸手摘取罢了。
由于接连的胜利，大部分将领主张“直捣元都”，一举统一中国。而朱元璋没有被胜利冲昏头脑。农民的谨慎心态，使朱元璋在指挥作战时，从不像其他流民领袖那样凭一时血气之勇。
朱元璋最突出的军事个性是“持重”。朱元璋的一切活动，特别是重大的军事和政治行动都是经过jīng心筹划，三思而行。他信奉稳扎稳打，积小胜为大胜，从不追求侥幸。史称老儒朱升的“高筑墙，广积粮，缓称王”九字方针给朱元璋带来了胜利，殊不知这也是朱本身的一贯思想，只不过朱升之策恰与朱元璋同心而得其认可罢了。
北伐战争是朱元璋谨慎个性的突出表现。在这场战争中他一如既往地谨慎小心，绝不疏漏对每一个风险点的分析。他分析说，“元建都百年，城守必固，若悬师深入，屯兵于坚城之下，粮饷不足，援兵四集，非我利也”。
他力排众议，果断地提出先取山东，撤其屏蔽，旋师河南，断其羽翼，拔潼关而守之，据其户槛，全局在握，然后进兵元都，“则彼势孤援绝，不战可克其都”。
应该说，在当时我qiáng敌弱的情况下，一举攻克元都的可能性还是很大的。但是风险也确实存在。当时的元朝还保有相当的军事实力，只是他们正忙于争权夺利，自相残杀，没有联合起来对付北伐军。朱元璋的军事部署则把风险降到了最小，虽然成本大大增加。朱元璋宁可多做十倍的努力，也不愿冒哪怕只增加了十分之一的风险。
吴元年（公元1367年）十月二十一日，朱元璋命徐达、常遇chūn率军二十五万，由淮入河，北伐中原。十月二十四日，徐达大军抵达淮安，元朝守将王宣、王信投降。十二月初五，朱元璋部陷东平，孔子五十六代孙袭封衍圣公孔希学率曲阜县尹、邹县主簿投降。十二月初七，徐达攻克济南，整个山东进入朱元璋版图。
山东平定后，虽然大都近在眼前，但徐达按朱元璋指示，首先西取河南。洪武元年三月，徐达引舟师溯huáng河而上，直趋汴梁。四月初八，与元将脱因帖木儿大战于洛水以北，大胜。
在河南基本平定后，朱元璋又命冯胜西取陕西，与徐达夹击脱因帖木儿残部。山东、河南、陕西都纳入朱元璋版图，攻克大都，就没有任何意外了。
正是按照朱元璋的这一战略，北伐一步一步，逐渐消耗了元军力量，毫无悬念地取得了胜利，从出师北伐到克元大都仅仅用了十个月的时间。
第六节 朱元璋为什么屠杀功臣