然而，形势的发展却出乎他的意料。1957年下半年，陈云正在总结一五计划经验教训，紧张思考国民经济二五建设计划的时候，一场突如其来的政治风bào向他袭来，使他遭遇到财经生涯中一段极为困难的时期。
毛泽东批评反冒进的人离右派“只有五十米远”，并直言批评主要是针对陈云。
陈云不得不一再检讨
1957年10月12日至19日，8天之内，陈云连续视察东北的大连、吉林、长chūn、齐齐哈尔、抚顺等城市近20家厂矿和电站、港口，了解国家工业化建设的进展和新增实力，以便从实际出发，把握国家经济建设大局，制订二五计划。紧张的行程，使陈云回京后就累得病倒了。11月10日，他就不得不接受医生建议，致信周恩来向中央请假，去华东休养一个时期。
在休养期间，他不安地注意到，一股批评1956年反冒进、反对所谓右倾保守的风刮得越来越厉害，批评的矛头开始指向反冒进运动的领导人。
1958年1月11日到22日毛泽东在南宁召开会议，参加的有部分中央领导人和9省2市的党委书记。1月11日晚，毛泽东发言说，不要提反冒进这个名词，这是政治问题。一反就泄了气，6亿人一泄了气不得了。如果当时不提反冒进，只讲一个指头长了疮，就不会形成一股风，chuī掉了多快好省、四十条纲要、促进委员会这三个东西。这些都是属于政治问题，而不属于业务问题。
在南宁会议上，毛泽东对积极反对“右倾保守”的上海市委第一书记柯庆施十分欣赏。1月15日，毛泽东夸奖柯庆施1957年12月25日在上海市党代会作的《乘风破làng，加速建设社会主义的新上海》的报告，说这个报告把中央许多同志比下去了，中央工作的同志不用脑筋，不下去跑跑，光在那里罗列事实。16日他又在大会上拿出柯文当众问周总理：“恩来同志，你是总理，你看，这篇文章你写得出来写不出来?”周总理答：“我写不出来。”毛泽东说：上海是中国工人阶级集中的地方，没有工人阶级建设社会主义的qiáng烈激情，是写不出这样的好文章的。“你不是反冒进吗?我是反反冒进的!”
刘少奇解释说，主席的批评是针对管经济工作的几个人的。当时负责领导全国经济工作的是由陈云、李富chūn、李先念、薄一波、huáng克诚组成的中央经济工作五人小组，其中huáng克诚是军队的。1月17日晚上，毛泽东约李富chūn、李先念和薄一波谈话，亲自揭开了这个谜底，明确讲到批评主要是对陈云的。
19日晚周恩来为了顾全大局作了检讨，说反冒进是带方针性的动摇和错误，是右倾保守主义的思想，是与主席促进方针相反的促退方针，他对此负主要责任。
极力主张冒进的人受到表扬，主张反冒进的人受到严厉批评。一时党内“左”的急躁冒进思想迅速泛滥。在这种党内舆论之下，甚至有一位工业部门的领导同志公开声言：反冒进的保守主义思想代表就是陈云。
南宁会议以后，毛泽东亲自执掌了经济工作大权。
杭州会议和南宁会议，陈云因正在养病，都没有参加。他按原定计划，赴大西南的成都、重庆，边休养边视察工厂。南宁会议后，他才听到会议情况的传达。2月上旬，他虽然尚未完全康复，还是决定结束休养，逐步恢复工作。
2月13日至23日，陈云出席了在北京举行的中共中央政治局会议。这次会议的议题，还是批反冒进。
毛泽东在会上说，反冒进反得那么厉害，把群众的气泄下去了，加上右派的猖狂进攻，群众的气就不高，我们也倒霉。我们这些中央委员，你就那么舒服呀?我是不舒服的。我不赞成反冒进叫马克思主义，赞成冒进才是马克思主义。毛泽东批评反冒进的人跟右派相距不远，“大概50米远。”
3月8日至26日，中共中央在成都召开工作会议，中央有关部门负责人和各省市自治区党委书记出席。
在这次会议上，毛泽东说明了他发动对反冒进的批评的目的。3月9日，他发言说，反冒进是个方针性的错误，南宁会议提出了这个问题，有许多同志紧张，现在好了。谈清楚的目的是使大家有共同的语言，做好工作，而不是不好混，我绝无要哪个同志不好混之意。一
种是马克思主义的冒进，一种是非马克思主义的反冒进，究竟采取哪一种?我看应该采取冒进。以后反冒进的口号不要提，反右倾保守的口号要提。反冒进这个口号不好，吃亏，打击群众。反右倾这个口号为什么不会打击群众呢?反右倾所打击的就是一部分人的官气、暮气、骄气，一些人的主观主义、官僚主义、宗派主义，这些东西应该加以打击。3月25日又说，关于反冒进，我看以后不需要谈了。如果从经验上、方法上把它作为例子，那倒是可以的。这个问题不是什么责任问题，重点是要用唯物论、辩证法来深入分析反冒进问题。反冒进是“寻寻觅觅，冷冷清清，凄凄惨惨戚戚”，冒进则是“轰轰烈烈、高高兴兴”，“不尽长江滚滚来”，就是要和反冒进对起来，反对慢的路线。
显然，批评反冒进，就是要统一思想，实行冒进。
陈云也参加了这次会议，在会上又检讨了反冒进的“错误”。
1958年5月5日至23日，中共召开八大二次会议，会议再次猛烈地批判了反冒进。刘少奇代表党中央作工作报告，对批评反冒进作了结论。报告说：反冒进损害了群众的积极性，影响了1957年的生产建设，特别是影响了农业的发展，形成了“马鞍形”。
会上，党的历史上出现过的那种开展过火党内斗争的气氛很浓，有不少人在发言中猛烈批评反冒进，觉得这个结论对反冒进的批评还不够，语气轻了，对立面讲得不够，应彻底清算反冒进的“错误”。各地方代表也在会上报告了同地方“右派集团”“右倾集团”“反党集团”作斗争的经过。
在这种气氛下，陈云和周恩来、李先念、薄一波等人都在会上再一次就反冒进“错误”，违心地作了自我批评。
应该说，周恩来和陈云等人就反冒进问题作检讨，心态是很复杂的。反冒进是在当时经济形势下必须采取的措施，实际效果是很好的。但是，在1957年的反右派斗争以后，“左”急躁冒进思想逐渐在党内上升，使他们处于很不利的地位。当时毛泽东的威望很高，而且从维护毛泽东的威信、维护党内团结的良好愿望出发，他们不能对毛泽东反冒进一事表示异议。
在6月9日的中央政治局会议上，周恩来甚至委婉地提出自己不适合再当总理。虽然会议挽留了他，但由此也可以看出当时压力之大。
陈云也承受了巨大的压力，令素来沉着的周恩来，有次开完会回到家里都为他感到愤愤不平，对邓颖超说：有人说陈云同志是老右倾，是资产阶级商人，连他的长像也受到指责，这样对待陈云同志是错误的!身边工作人员注意到，周恩来后头几个字，几乎是一字一顿地说出来的。
素性平和的陈云，也不能不对这种状况感慨良多。1980年起草历史决议的时候，陈云事隔多年，还提到这件事，认为当时民主集中制已经受到破坏，党内生活不正常。他对胡乔木表示，五十年代这次“反冒进”，中央领导全都参加了，毛来了一个反“反冒进”，结果搞得鸦雀无声了。