因此，即位以来，“西师”一直是一个盘桓在他脑际的重要问题。
站在今天的时间点回望，乾隆二十年确实是中原王朝扫平西部、彻底统一中国的千载难逢的良机。准部处于有史以来最衰弱的时期，兵无斗志。而清朝经过三代经营，国力qiáng盛。此时兴师，十拿九稳。人生的机会往往稍纵即逝，国家和民族的机会更是如此。这一形势，今天看来十分清楚，可是当局者迷，站在历史十字路口的人们，往往身在此山中，云深不知处。清王朝所有的官员几乎都没有看到这个形势，皇帝与大臣们意见针锋相对，除了对战争的观念不同之外，更主要的是双方知识储备、国家视野、掌握的信息量不同。乾隆站得高、看得远。而朝中大臣们则对这些“蛮夷”素少关注，对乾隆的这一决定难以理解。满朝大臣，只有小舅子傅恒赞成皇帝的决定。战争结束后皇帝回忆当时的情景说：“人心狃于久安。在廷诸臣，惟大学士傅恒与朕协心赞画，断在必行，余无不意存畏葸。”
领导人的能力体现在做出高人一筹的决断，并且有力地实施这个决断。因此，这场战争最重要的不是战斗本身，而是如何推动大清帝国这架机器走上战争轨道。
乾隆皇帝后来回忆说：“斯时，力排众议，竭尽心力。”（《御制诗五集》）做官僚集团的思想工作，动员、组织文武官员投入这场战争，让他几乎jīng疲力竭。他连篇累牍地发布谕旨，分析清准力量对比，再三论证出兵讨伐的必要性，并表示自己决心已下，不可动摇。他说：“此正可乘之机。若失此不图，再阅数年，伊事势稍空，必将故智复萌，然后仓猝备御，其劳费必且更倍于今。”“此际达瓦齐力穷失据，且内难相寻，众心不服，失此不图，数年之后，伊事务稍定，仍来与我为难，必致愈费周章。”
乾隆十九年（1754年）十月十三日，他在太和殿召见诸王和满族大臣，对他们说：“朕总理天下诸务，惟据理独断，应办之事，断不为众所阻挠。如其不可，众人qiáng为奏请，朕亦断不允行。是皆尔等所共知者。此用兵要务，朕筹之已审，岂以众人怯懦，即失机宜，半途而废。”（《清高宗实录》）
经过反复思想动员，终于，人们表面上不再反对了。大清帝国勉qiáng开上了战争轨道。
然而乾隆却物色不到一位堪当大任的主帅。在所有的大臣中，只有傅恒真心诚意支持出兵，可是此人素不知兵，难以承担如此大任。平安无事数十年的满族将领们也“惟守妻孥以求安逸，闻战阵而甘退缩”。成兖札布、策楞、舒赫德等老将素称勇敢gān练，可是对这场战争却都心怀退缩，“萎靡懦怯”，无奋勇争先之态。左右权衡，乾隆勉qiáng选定了班第和永常，分任北路和西路主帅。
接下来是粮草问题。如果按照“兵出粮随”的用兵常理，这场战争根本没法打。因为平定准噶尔的时机是突然到来的，清王朝毫无准备。前线并无粮草，准备也已来不及。一是从内地运粮到西部，每石米价值不过3两银子，可是运费要高达20两。二是即使清廷财力充裕，负担得起运费，征购和运送时间上也万万来不及。
乾隆悍然决定，抛弃行军常规，“因粮于敌”。也就是说，每名士兵自背可吃两个月的口粮，其余口粮，沿途取之于蒙古牧民。乾隆的上谕说得冠冕堂皇：“官兵前进，沿途可以打牲，宰杀疲乏牲畜。现在投诚的厄鲁特蒙古人所有的牲畜，虽然不应夺取，但是暂时取用，将来再给补偿，也无不可。”
这实际上允许官员沿路抢掠。所谓将来补偿，只是无法兑现的空话而已。这一大胆的举动后来被证明埋下了严重后患，在当时却被乾隆认为是唯一的办法。
此谕一出，不少大臣都目瞪口呆，纷纷反对。陕甘总督刘统勋上奏说此举太过冒险，仍当先筹粮运饷，然后再进兵。乾隆批评他说：“刘统勋此奏……全不合此次机宜。”
定西将军永常也反对因粮于敌。乾隆皇帝说得口gān舌燥，禁不住骂起人来：“永常全不知事理之轻重，颠倒舛谬，至于此极！”
一顿痛骂，终于压住了所有反对者的声音。乾隆二十年（1755年）二月，清军北路和西路两路出师，共计五万人，加上负责运输的夫子共近八万人。每位士兵配备战马三匹，共计十五万匹。配备骆驼一万峰。乾隆以从准噶尔叛逃的重要将领阿睦尔撒纳为前锋，以收招降之效。果如乾隆所料，准部连年内战，人心厌乱，清军一到，纷纷归降，“各部落闻风崩涌……所至台吉、宰桑，或数百户，或千余户，携酮酪，献羊马，络绎道左，师行数千里无一人抗颜行者。”大军刚刚出动，就有札哈泌部一千三百户来降，称“我等为达瓦齐残nüè，愿率属效力”。紧接着准噶尔颇有权势的大台吉也率部属投降。五月，两路大军会师于新疆博乐县（今新疆博禾市），向伊犁进军。伊犁民众也纷纷迎降。“大兵至伊犁，部众持羊酒迎犒者络绎载道，妇孺欢呼，如出水火，自出师以来，无血刃遗镞之劳，敉边扫xué，实古所未有”。充分证明了这次出师时机选择的重要性。
在这种情况下，准部新首领达瓦齐无心抵抗，率一万人逃亡至伊犁西南的格登山。清军穷追不舍，将其擒获，送往京师。平准战争初获胜利。
过于迅速的成功往往包含着问题。清军攻克伊犁后，原以为可以缴获一部分牲畜、粮食。不料准部屡经战祸，伊犁并无积存物资。因为军粮不继，平定了准部之后，清朝大军只能迅速撤离，只留下五百名士兵做清朝将军的护卫，准部由率先降清的阿睦尔撒纳与清朝将军共同管理。阿睦尔撒纳本不是一个安分之人，虽然平定伊犁之后，乾隆以其战功最多，封他为双亲王，食亲王双俸，他仍然不满足。他见清朝兵力已退，萌生了做准部新汗、独据准噶尔汗国原来版图的野心。平定准部之后，乾隆秉“分而治之”之策，准备把准部一分为四，使其互不统属，阿睦尔撒纳却要求成为四部的统一首领，凌驾众人之上。乾隆当然不同意他的请求，于是他于乾隆二十年（1755年）杀死清军将领，起兵叛乱，自立为汗。乾隆二十一年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦尔撒纳。
平叛战争进展得很不顺利。由于事发仓促，清军仍然没有携带充足粮草就出发了，一路上对喀尔喀蒙古大肆榨取。到了新疆之后，又大肆抢夺准部故地的牲畜粮食。准部本来就已经陷入饥荒之中，清军一来，雪上加霜，大批民众饿死，剩下的都纷纷起来反抗清军。而前线将领又很不得力，屡屡错失战机，使阿睦尔撒纳一再逃脱。乾隆皇帝一筹莫展。恰在此时，一直全力支持乾隆平准的喀尔喀部蒙古居然也起兵反叛了。
反叛的原因是清王朝对喀尔喀蒙古的榨取超过了极限。“因粮于敌”的策略在战争中实际上演变成了因粮于友。在开往新疆的途中，缺乏物资准备的清军一再掠夺喀尔喀蒙古人，“毡子、毛皮和其他畜产品都被清朝当局以动员和征用的方式夺走了。除了这些，喀尔喀劳动者越来越频繁地被招去服兵役，而且他们必须自备武器弹药……大部分男人脱离生产，被打发去打仗”。（兹拉特金《准噶尔汗国史》）因此，在部落领袖青衮杂卜的带领下，一万多喀尔喀蒙古人起兵反清。二十三个札萨克王公聚集在克鲁伦河畔，酝酿要举行全蒙古的反清战争。