而此时陈愚衷到底在做什么？
南原先后派了两次求救信使抵达全州，第一次陈愚衷的回答是：“敌情难测，恐怕顾此失彼”，第二次又回答：“信地难离。”死活不肯发兵。等到他第三次听到消息的时候，日军已然攻陷南原。
陈愚衷此时慌了手脚，他再一打探，更是惊骇无极。
原来日军左路军在攻克南原以后，留下一部向南扫dàng，其余主力一齐北向，和在huáng石城的右路军呈钳形攻势，bī进全州。换句话说，陈愚衷即将面临的敌人，大约有十万之众。这个消息，让全州里的居民惊慌失措，纷纷出逃。守军本欲阻止，反而被这些急于活命的乱民冲散，拆毁了城门，一哄而散。
八月十七日，左路军前锋小西行长军至任实，右路军前锋加藤清正进入云峰。两路倭寇合兵一处，在八月十九日抵达全州城下。
陈愚衷二话没说，点齐了兵马就要撤退。当地朝鲜官员拉着他的缰绳，气得大叫：“早知今日，何必当初。”
原来这位大将抵达全州以后，发现城里没粮食，粮食都藏在全州城外十里的山寨里。当时朝鲜军的战斗力太差，一遭遇日军就会溃散，所以守官gān脆不把物资存在城中，省得便宜了日本人。陈愚衷抵达之后，qiáng行命令把这些东西搬回城里，谁说也不听。现在好了，全便宜了日本人。
陈愚衷一路北遁，一直逃到公州，才跟前来接应的明军游击牛伯英碰上头，两人呆在公州不敢动弹，静等援军。
最后说说杨元和陈愚衷的结局。
杨元在南原突城逃出的时候身中两枪，刀伤数处，直接被人抬回了汉城。在汉城，朝鲜国王李昖搀着他的胳膊呜呜哭泣，说将军你为朝鲜辛苦了。朝鲜国王李昖对杨元一直很有好感，他还记得，在壬辰战争期间，辽东军将领对朝鲜人都不友善，只有杨元态度还算和蔼，经常居中调停。
可惜杨元伤势不轻，已经无力统军，很快便在朝鲜君臣的惜别声中被送回了国。他万万没料到，等待他的，却是一场灭顶之灾。朝廷宣布以“弃城脱逃”的罪名，给他下了大狱。
说实话，杨元真冤。
南原是一场惨败，但这场惨败的根源，是战略部署上的失误，主要责任要归咎于明军高层未能及时判明日军动向，导致让杨元的三千人要面对五万日军——这仗换谁来打，都是同样的结局。更何况杨元并未一开始就弃城而去，而是认认真硬抗了三天，给后续明军争取来了宝贵的时间。虽然他最终弃城而走，那也是血战之后的不得以。
真正该死的是陈愚衷。他第一条罪状罔顾南原战局不及时上报，导致明军反应迟缓；第二条罪状踟蹰不前，不主动策应杨元。虽然他的兵力也只有两千，但只要稍微在外围有所活动，日军必不会把全部压力加在南原；第三条罪状是毫无作为不战而逃，弃全州不说，还把大量物资留给敌人。
一个是败将，一个是逃将。一个是能力问题，一个是态度问题，谁更该死一目了然。
但明军对这两个人是如何处置的呢？
对陈愚衷的惩罚是，打一百军棍，免死充军。
对杨元，先是拿下，关了一年多，然后跟沈惟敬一齐处死。
这种厚此薄彼的处置，十分蹊跷。且不说杨、陈二人的功过清清楚楚，毋庸置疑，就算杨元对南原惨负全责，也不至于要判到弃市这么严重。要知道，同为辽东军背景的祖承训当初在平壤城打的那么惨，都没受多大惩罚。杨元在辽东军地位比祖承训要高得多，怎么判决却如此之重？
对这种不对等待遇，朝鲜人也觉得莫名其妙。他们认为“杨总兵血战孤城，兵单援绝，则南原之败，势所然也。陈游击愚衷，拥师全城，坐视不救，则其罪固大矣。愚衷尚保首领，则总兵先就极刑，人莫不惜之。”
杨元之死，我猜测可能有三点原因：
第一点是党争之祸。蔚山之战后，军前赞画丁应泰弹劾率先逃跑的杨镐“丧师党欺”，把他和麻贵、邢玠乃至身后的大学士张位、沈一贯等人连到一起要追究责任。在这种情况之下，杨镐和麻、邢等人必须要把责任往外分，摘出去一点是一点。所以我们查阅史料时能看到，南原之战在万历二十五年八月打完，一直到万历二十六五月，兵部才正式提出处置杨元。关于杨元的责任追究，都是在杨镐被弹之后才纷纷冒出头来。
这个切割责任的运动是很有效果的。我们看到，在战后议论功罪的时候，麻贵因为稷山、青山、岛山的功绩而“免议”，杨镐也因为单骑入汉城，得了个“功亦难泯”的考语，没受多大罪，没人追究他们南原惨败的责任，这帽子自然而然就得扣到了杨元的头上。
第二点是政治影响。对大明来说，南原失守比全州失守更加难堪。全州影响的不过是朝鲜三道战局，南原却波及到了整个大明沿海的防务。南原一失，全罗南部沿海不保。至此日军可以从全罗道直入huáng海，袭扰天津、山东、浙江等处，航程大大缩短。
所以在得到南原失守的消息以后，北京大为震惊，立刻下令让沿海各地修备军务，调集水师陆营加qiáng巡防，防备敌人跨越huáng海打过来——差不多半个东亚都因为南原这座小城的失陷而骚动不安。可见南原失守在政治上的影响非常恶劣，必须得有人出来背这个责任。
弃城而逃的杨元毫无疑问是最好的人选，他是直接责任人。再说，南原明军实打实地损失了三千人，伤亡如此惨重，在朝鲜战场还是第一次。不管杨元有多少苦衷，于法于理，杀他都说得过去。
第三点原因，是没人帮他。
当年祖承训大败之后，李如松出面维护，最后朝廷只轻轻打了一下板子。杨元在辽东军的地位很高，这一次怎么辽东军不说话了呢？
杨元的身份很奇特，他的军籍属于辽东，跟许多辽东将领沾亲带故；可他又是京营出身，是宋应昌从北京带出来的。第一次援朝的时候杨元出任中协大将，实际上是李如松和宋应昌两大派系的一个平衡点。
我们能看到，李如松打下平壤以后，带着辽东将领往前跑，杨元也跟着去了，说明他与辽东系关系很好；但是到了坡州以后，李如松让他原地驻守，自己带着辽东嫡系继续赶往汉城，说明还是把他当外人。
南原战败的时候，宋应昌已去职，石星也已经失势。援朝三巨头里，麻贵是宣大系统出身，不会出言相保；邢玠、杨镐等人虽然跟辽东军关系不错，让做顺水人情可以，下死力捞人可是qiáng人所难——何况他们还得指望杨元帮他们承担责任。
结果在这三点原因的相互作用下，杨元稀里糊涂地被下狱弃市，与他亲手抓获的沈惟敬同时问斩。沈惟敬这一手报复，总算是见到了效果。
时间回到万历二十一年，《平壤续志》里记载：平壤之战结束之后。为了感谢李如松及麾下健将的光复之功，朝鲜派了一名叫李臣钦的画手，要为石星、李如松、杨元、李如柏、张世爵五个人画像，置于武烈生祠中四时祭拜。